结果表明,基于欧式距离6.79可将供试材料分为两大类,Ⅰ类包含90份材料,占供试材料的91%;Ⅱ类包含9份材料,分别为丽薯6号、青薯2号、红玫瑰、1025、东农310、甘谷紫、中薯21、云薯606和国外2号,占供试材料的9%。SSR聚类结果表明,32对SSR引物共检测到202个等位基因位点,多态性比率达100%。供试材料的遗传相似系GKT137831订单数(genetic similarity, GS)在0.627～0.926之间。在GS为0.627时,供试材料被聚为两大类,第Ⅰ类有27个基因型,占供试材料的27%;第Ⅱ类有72个基因型,占供试材料的73%;在该类群中,丽薯6号和华恩1号与其他基因型遗传背景差异较大而被单独分离出来,另外70份材料在GS为0Ruboxistaurin.637时,肯德、米拉和克新22号被单独分离出来。形态学聚类与SSR聚类结果均表明,同一育成单位的马铃薯品种遗传背景极其相似,遗传差异较小。综合扩增带型的清晰度、多态性条带的数量及引物的重复性高低,确定STI005、STI022、STI024、STI041、SSR223和STG0016共6对SSR核心引物,更多结合该6对核心引物对供试材料进行鉴定,可将99个品种完全区分开。按照STI005/STI024/STG0016/SSR223/STI022/STI041组合,构建出99份供试材料的指纹图谱。结果表明,部分供试材料的形态学标记与SSR标记聚类结果在类群划分与遗传背景上具有一致性,形态学性状差异能在一定程度上真实反应基因水平的差异。本研究为马铃薯品种鉴别和优良杂交组合选配提供了参考依据。