进一步的结构与残基能量分解分析揭示了选择性机理的结构基础。MLN8054与Aurora-A结合诱导活化环区采取不寻常的DFG-up构象致使结合位点的疏水口袋被打开,因此,增强了MLN8054与Aurora-A的残基Va1279的相互作用。Aurora-B的残基Glu177对MLN8054有静电排斥作用,而相应的Auro没有ra-A的残基Thr217则与MLN8054形成了有利的相互作用。Aurora-A和Aurora-B的结合口袋间的差异和构象变化是决定选择性的关键因素。这些结果将有助于选择性的Aurora-A激酶抑制剂的合理设计。 p38丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein 购买Ivacaftorkinase, MAPK)和丝裂原活化蛋白激酶激活蛋白激酶2(MAPK-activated protein kinase2, MK2)形成的信号复合物在生理过程中与促炎症因子的产生等细胞应答密切相关。p38α与MK2的相互作用对于这个信号传导具有重要的作用。在论文的第五章中,我们将分子动力学模或者拟、域运动分析和自由能计算相结合的方法应用到MK2-p38α信号复合物的体系中,研究这两个蛋白激酶间的蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)。通过基于主成分分析(principal component analysis, PCA)的结果,我们进行了动态域运动分析,揭示了在相互作用过程中未结合状态的和结合状态的蛋白质的构象变化。